Las reservas marinas son una herramienta de gestión pesquera y van dirigidas a proteger los recursos marinos vivos, conjugando la preservación de la biodiversidad con la explotación sostenible de las especies y los ecosistemas.

Durante los últimos años, se han creado reservas marinas en numerosos puntos de las costas mediterráneas y el estudio de la evolución de sus poblaciones de pescados e invertebrados ha demostrado el que científicamente ya se conoce como "efecto reserva": en el interior de las reservas hay más especies que fuera, el número de individuos es superior y son más gordos. Hay indicios que apuntan a que las reservas exportan pescados en a sus alrededores, tanto en forma de huevos y larvas como adultos que realizan movimientos amplios.

Es Freus de Eivissa y Formentera constituyen una área de gran valor biológico y pesquero. En la zona hay grandes extensiones cubiertas por praderas de fanerógamas, que son áreas de elevada producción biológica y de alevines de especies de interés comercial, así como algunos ecosistemas con singularidades notables, como las colonias de Cladocora caespitosa .

Por otro lado, estas áreas mantienen una importante flota pesquera de artes menores con base en Formentera y Eivissa, la cual explota las poblaciones de pescados e invertebrados. Todo este conjunto de recursos marinos y actividad pesquera se debe preservar y la mejor forma de hacerlo fue la creación de una reserva marina que asegurara una conservación y explotación sostenibles de los recursos.

Por eso es por lo que el 28 de mayo de 1999, el Govern de las Illes Balears estableció la Reserva Marina des Freus de Eivissa y Formentera. Dentro esta superficie hay tres figuras de protección diferentes: la reserva integral, en los alrededores de la isla de es Espardell, el área de reserva de impactos y la zona de veda temporal para la pesca recreativa.

Asimismo se ha creado una comisión con funciones de asesoramiento y de participación pública, formada por representantes de los colectivos e instituciones relacionadas con la reserva.