Les reserves marines són una eina de gestió pesquera i van dirigides a protegir els recursos marins vius, conjugant la preservació de la biodiversitat amb l'explotació sostenible de les espècies i els ecosistemes.

Durant els darrers anys, s'han creat reserves marines en nombrosos punts de les costes mediterrànies i l'estudi de l'evolució de les seves poblacions de peixos i invertebrats ha demostrat el que científicament ja es coneix com "efecte reserva": a l'interior de les reserves hi ha més espècies que a fora, el nombre d'individus és superior i són més grossos. Hi ha indicis que apunten que les reserves exporten peixos cap als seus voltants, tant en forma d'ous i larves com adults que realitzen moviments amplis.

Es Freus d'Eivissa i Formentera constitueixen una àrea de gran valor biològic i pesquer. A la zona hi ha grans extensions cobertes per praderies de fanerògames, que són àrees d'elevada producció biològica i d'alevins d'espècies d'interès comercial, així com alguns ecosistemes amb singularitats notables, com les colònies de Cladocora caespitosa . Per una altra banda, aquestes àrees mantenen una important flota pesquera d'arts menors amb base a Formentera i Eivissa, la qual explota les poblacions de peixos i invertebrats. Tot aquest conjunt de recursos marins i activitat pesquera s´ha de preservar i la millor forma de fer-ho era la creació d'una reserva marina que assegurés una conservació i explotació sostenibles dels recursos.

És per això que el 28 de maig de 1999, el Govern de les Illes Balears establí la Reserva Marina des Freus d'Eivissa i Formentera. Dins aquesta superfície hi ha tres figures de protecció diferents: la reserva integral, als voltants de l'illa de s'Espardell, l'àrea de reserva o d'esmorteïment d'impactes i la zona de veda temporal per a la pesca recreativa.

Així mateix s'ha creat una comissió amb funcions d'assessorament i de participació pública, formada per representants dels col·lectius i institucions relacionades amb la reserva.