Pel que fa a sòl rústic, aquest departament té per funcions emetre l'informe preceptiu d'expedients d'edificació d'habitatges unifamiliars a sòl no urbanitzable enviats pel respectiu ajuntament, així com, si és el cas, la declaració d'interès general de determinades activitats a sòl rústic.

Aquesta competència deriva del que disposa la Llei 6/1997, de 8 de juliol, de sòl rústic de les Illes Balears (articles 36 i 37).

La resolució d'aquests expedients correspon a la Comissió Insular d'Ordenació del Territori, Urbanisme i Patrimoni Historicoartístic d'Eivissa (CIOTUPHA).

Gran part dels expedients del Departament es tramita a través de la CIOTUPHA, mitjançant la Ponència Tècnica d'Ordenació del Territori i Urbanisme (PTOTU), en virtut de l'organització derivada del Reglament Orgànic.

D'aquesta CIOTUPHA també depèn la Ponència Tècnica de Patrimoni Historicoartístic (PTPHA), adscrita al Departament d'Educació, Patrimoni, Cultura, Esports i Joventut.

Així mateix, el Consell és el competent per a atorgar les llicències urbanístiques a sòl rústic (ex article 31.3 de la Llei 6/1997, de 8 de juliol) quan la parcel·la a la qual es vinculi una activitat pertanyi a més d'un terme municipal.