El Consell Insular d'Eivissa és actualment la més alta institució de govern de l'illa. Amb la Constitució de 1978, els eivissencs i formenterencs recuperen la institució que des de feia set segles havia estat l'única forma de govern que s'havia conegut: La Universitat, institució que feia les funcions d'un únic ajuntament per a totes les Pitiüses.

L'any 1299, formant part Eivissa i Formentera del regne de Mallorca del qual era rei Jaume II, es va atorgar als pitiusos que els batles dels tres co-senyors triessin tres prohoms de la terra; aquests, al seu torn, havien de triar deu homes bons com a assessors per a governar les Pitiüses, amb la funció de regir i ordenar els assumptes de les illes d'Eivissa i Formentera.

Aquesta institució va anar creixent i evolucionant i es va anar fent càrrec de tots aquells temes que requerien una mínima organització pública: obres per a la defensa d'Eivissa i Formentera, l'explotació salinera, manteniment de séquies, etc. En el si d'aquesta institució ja es troben, des dels seus inicis, tots els estaments socials: la mà major (noblesa i clergat); la mà mitjana (artesans, menestrals, mercaders) i la mà de fora (llauradors).

Aquesta situació es va mantenir durant tota l'edat Moderna fins al canvi de dinastia. Eivissa i Formentera van defensar als Àustries. Arran de la derrota de Carles d'Àustria i la promulgació dels Decrets de Nova Planta (1717) pel monarca borbón Felip V, es van anul·lar els drets d'autogovern, i la Universitat va ser substituïda per un ajuntament, d'aquesta manera es va tancar aquella etapa.

La institució d'autogovern que representava la Universitat no va ser recuperada fins més de dos segles i mig després, una vegada finalitzat el règim dictatorial instaurat pel general Franco, amb la jove democràcia, que, el 13 de juny de 1978, va promulgar el Reial decret llei que institueix el Consell General Interinsular, institució de les Illes Balears, que va governar mitjançant un sistema preautonòmic plural fins a l'aprovació de l'estatut d'Autonomia.

Un any després, la Constitució Espanyola va reconèixer, com ja s'ha esmentat, aquesta capacitat d'autogovern dels pobles de l'Estat espanyol. A les Balears s'institueixen els tres Consells Insulars (Eivissa i Formentera, Menorca i Mallorca), que es constitueixen després de les eleccions de 1979.

Respecte a les Pitiüses hi havia, al principi, 12 representants, denominats consellers, dels quals onze corresponien a l'illa d'Eivissa i un a l'illa de Formentera.

El 19 d'abril de 1979 es va celebrar el primer ple del Consell Insular d'Eivissa i Formentera, acte presidit per Cosme Vidal Juan, per ser el número u de la llista que més vots havia obtingut, i es va declarar constituït amb dotze membres, d'acord amb els resultats de les eleccions del 3 d'abril de 1979.

Amb l'entrada en vigor, l'any 2007, del nou Estatut d'Autonomia de les Illes Balears, el Consell Insular d'Eivissa i Formentera es va convertir en Consell Insular d'Eivissa, en tenir l'illa de Formentera el seu propi òrgan de govern insular.