El Consell Insular de Eivissa es actualmente la más alta institución de gobierno de la isla. Con la Constitución de 1978, los ibicencos y formenterenses recuperan la institución que desde hacía siete siglos había sido la única forma de gobierno que se había conocido: La Universidad, institución que hacía las funciones de un único ayuntamiento para todas las Pitiusas.

El año 1299, formando parte Eivissa y Formentera del reino de Mallorca del cual era rey Jaime II, se otorgó a los pitiusos que los  alcaldes de los tres coseñores eligieran tres prohombres de la tierra; estos, a su vez, habían de elegir diez hombres buenos como asesores para gobernar las Pitiusas, con la función de regir y ordenar los asuntos de las islas de Eivissa y Formentera.

Esta institución fue creciendo y evolucionando y se fue haciendo cargo de todos aquellos temas que requerían una mínima organización pública: obras para la defensa de Eivissa y Formentera, la explotación salinera, mantenimiento de acequias, etc. En el seno de esta institución ya se encuentran, desde sus inicios, todos los estamentos sociales: la mano mayor (nobleza y clero); la mano mediana (artesanos, menestrales, mercaderes) y la mano de fuera (labradores).

Esta situación se mantuvo durante toda la edad Moderna hasta el cambio de dinastía. Eivissa y Formentera defendieron a los Austrias. A raíz de la derrota de Carlos de Austria y la promulgación de los Decretos de Nueva Planta (1717) por el monarca borbón Felipe V, se anularon los derechos de autogobierno, y la Universidad fue sustituída por un ayuntamiento, de este modo se cerró aquella etapa.

La institución de autogobierno que representaba la Universidad no fue recuperada hasta más de dos siglos y medio después, una vez finalizado el régimen dictatorial instaurado por el general Franco, con la joven democracia, que, el 13 de junio de 1978, promulgó el Real decreto-Ley que instituye el Consejo General Interinsular, institución de las Islas Baleares, que gobernó mediante un sistema preautonómico plural hasta la aprobación del estatuto de Autonomía.

Un año después, la Constitución Española reconoció, como ya se ha mencionado, esta capacidad de autogobierno de los pueblos del Estado español. En las Baleares se instituyen los tres Consejos Insulares (Eivissa y Formentera, Menorca y Mallorca), que se constituyen tras las elecciones de 1979.

Con respecto a las  Pitiusas había, en un principio, 12 representantes, denominados consejeros, de los cuales once correspondían a la isla de Eivissa y uno a la isla de Formentera.

El 19 de abril de 1979 se celebró el primer pleno del Consell Insular de Eivissa y Formentera, acto presidido por  Cosme Vidal Juan, por ser el número uno de la lista que más votos había obtenido, y se declaró constituido con doce miembros, de acuerdo con los resultados de las elecciones del 3 de abril de 1979.

Con la entrada en vigor, el año 2007, del nuevo Estatuto de Autonomía de las Illes Balears, el Consell Insular de Eivissa y Formentera se convirtió en Consell Insular de Eivissa, al tener la isla de Formentera su propio órgano de gobierno insular.